清政府改台湾府为行省，命刘铭传为台湾巡抚。

1885年10月12日，清政府改台湾府为行省，命刘铭传为台湾巡抚。中法战争前，台湾作为一个道隶属于福建省。经过中法战争，台湾在东南沿海地区的战略地位进一步突出，清政府感到必须加强对台湾的统治。1885年10月，醇亲王等提出“台湾要区宜有大员驻扎”。10月12日清政府传旨，将福建巡抚改为台湾巡抚，福建巡抚事宜由闽浙总督兼管。并命刘铭传为首任台湾巡抚。刘铭传是中法战争中为保卫台湾作出巨大贡献的爱国将领。战争结束后，他留驻台湾。在经亲自勘测查访的基础上，1887年11月，他与闽浙总督联名向清廷提出新的台湾行政区划分方案，获得批准。方案是：在台中彰化地区，建立省城；增设台东直隶州；将基隆、澎湖、埔里社各海防重地，设置为厅，以重事权。官吏设置与大陆同。原设各级地方机构，多则裁，少则增，未设者设。因此，政区由二府三厅八县扩大为一州(台东直隶州)。三府(台湾、台南、台北)、四厅(埔里社、澎湖、基隆、花莲港)、十一县(台湾、彰化、云林、苗栗、安平、凤山、嘉义、恒春、淡水、新竹、宜兰)。这样，台湾全岛联成一气。刘铭传战后治台五年，在建省、设防、整肃吏治、团结高山族、修造铁路、开办邮电、清赋理财、倡创新学等方面都有重大建树，对改变台湾的落后面貌、加速台湾的开发建设，起了重要的历史作用。